ovitoのパッケージのダウンロード www.ovito.org sudo apt install など，できるわけがないので git clone https://gitlab.com/stuko/ovito.git とする．これでpwdにovitoっていうディレクトリができる． このつぎに，マニュアルどおりに cd ovito mkdir bui…
最近生エッチの気持ちよさに抗えなくなってきてしまったんで，生外出し（膣外射精）で妊娠するのか個人的に調べてみた。生でやるとつっても妊娠するかどうかなんてコホート調査もできるわけないんで，結局論点は「我慢汁に精子があるか」ですけどね。 これま…
https://archive.rcm.cineca.it/artifacts/ ここからローカルPCの環境に合わせてRCMをダウンロード。 host: rcm.m100.cineca.it username, passwordはログインノードと一緒。 そのあと，Name Status Time Resourcesの右にある+をクリック。適切に（っつーか…
minimizeが足りないと思う。e-30でやる。
OpenMPを用いないので，1core/task。taskは多いほどよい。 CSCの場合 CSCのマニュアル 物理コア：40cores/node HT：2HT/core 仕様可能なオプション：--ntasks, --cpu-per-task max 1) dev (max 8 nodes or 160cores) #SBATCH --ntasks=80 #SBATCH --cpus-per…
10KNpt/exp_resumeはだめです fix extra all print 1 "$i $s $d $g $l $f $t $v $e $p" file outp.txt fix nveall all nve minimize 1.0e-18 1.0e-18 100000 100000 unfix nveall fix npt1 all npt temp ${npt_temp} ${npt_temp} 1 iso ${atmos} ${atmos} 1 …
#fix dt/reset のXmax決める用 temp = 0 timing = 0 for i in range(M-1): if abs(x_detec1[i+1] - x_detec1[i])>temp: temp = abs(x_detec1[i+1] - x_detec[i]) timing = i print(temp) print(timing)
2) 10K以上の弾性波伝播で，detectorが波を受けるまでの間にゆっくりと座標を変化させている（右にずれている）。弾性波を流さずに長いタイムステップnveで放置したらどうなるか見て，この現象についても考える。10Knve_doNothing(nve_relax)など →前も書い…
前回の問題点 20K以上の昇温で，セルサイズは収束しているように見えるが，温度変化がおかしい。より長いタイムステップをかけて移ろいを見ないといけない。20Kexp_longなど →15000 temp/rescale, 15000 relaxで以下のグラフ。 とりあえず1K前後の温度変動は…
20K以上の昇温で，セルサイズは収束しているように見えるが，温度変化がおかしい。より長いタイムステップをかけて移ろいを見ないといけない。20Kexp_longなど 10K以上の弾性波伝播で，detectorが波を受けるまでの間にゆっくりと座標を変化させている（右に…
M1で初飲み会した。みんな研究モチベないよね～～という話。 tabelog.com 店員さん優しかった。 LAMMPSのif文でやられるのもうn回（nは十分大きい自然数）なので，いい加減メモ。 docs.lammps.org LAMMPSのif構文は論理演算子は使えても，（加減乗除などの）…
LAMMPSを一度makeでビルドしちゃったあとで、入れたいパッケージが増えたりした場合、一度LAMMPSを消して入れ直す必要がある。 Reference: docs.lammps.org 消し方 cd lammps/src/ make clean make clean-all make clean-mpi make purge よくわかんない。mak…
ソースコードをgit cd $WORK git clone -b stable https://github.com/lammps/lammps.git lammps モジュールのload MPI環境のモジュールとしてspectrum-MPI コンパイラとしてxl をそれぞれロード。 module load spectrum[+tab] module load xl[+tab] makefil…
