M100にLAMMPSのインストール

ソースコードをgit

cd $WORK
git clone -b stable https://github.com/lammps/lammps.git lammps

モジュールのload

• MPI環境のモジュールとしてspectrum-MPI
• コンパイラとしてxl

をそれぞれロード。

module load spectrum[+tab]
module load xl[+tab]

makefileを書き換え

コンパイラオプションを書き換える。ディレクトリはMAKEのなか。

cd lammps/src/MAKE
vi Makefile.mpi

  1 # mpi = MPI with its default compiler
  2
  3 SHELL = /bin/sh
  4
  5 # ---------------------------------------------------------------------
  6 # compiler/linker settings
  7 # specify flags and libraries needed for your compiler
  8
  9 #CC =       mpicxx
 10 CC =        mpixlC #HERE!!
 11 CCFLAGS =   -g -O3
 12 SHFLAGS =   -fPIC
 13 DEPFLAGS =  -M
 14
 15 #LINK =     mpicxx
 16 LINK =      mpixlC #HERE!!
 17 LINKFLAGS = -g -O3
 18 LIB =
 19 SIZE =      size

10行目と16行目のとこ。mpi環境でxlコンパイラ使うときはmpixlCって書いてあった： https://wiki.u-gov.it/confluence/display/SCAIUS/UG3.2%3A+MARCONI100+UserGuide#UG3.2:MARCONI100UserGuide-Compilers mpicxxとかでも動くんだと思うけど、推奨環境で行きましょう。

make yes-[package name]

cd src
make yes-manybody #example

make-yes　のコマンドによって予め入れたいパッケージをすべてyesにしとかないとだめ。とりあえずmake yes-basicとmake yes-MANYBODY、make yes-MEAMだけやっといた。 yes/noの一覧はmake psで出せる。

make

cd lammps/src
make mpi

長い。あとtcmalloc: large allocうんちゃらっていうのが出て一時的に（10分弱？）動かなくなるけど、そのうちまた再開するから焦らないで。Ctrl+Cしちゃだめ。

以上で完了。頑張れ自分