cscでovitoのインストール（0703未完）
ovitoのパッケージのダウンロード
sudo apt install
など，できるわけがないので
git clone https://gitlab.com/stuko/ovito.git
とする．これでpwdにovitoっていうディレクトリができる．
このつぎに，マニュアルどおりに
cd ovito mkdir build cd build cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
ってするとcmakeのバージョン古いって怒られる．バージョン管理がんばれqstという気持ちを持ちつつも，module avail したら新しいバージョンのcmakeあるので，module loadする． でも，そのあともっかい上記のビルドすると，今度はqt5がないよって言われる．プンプンですわ
qt5のダウンロード，ビルド
qt5の公式レポジトリ的なとこにはアクセスできないので，githubから．
git clone https://github.com/qt/qt5.git --branch 5.15.2 cd qt5 perl init-repository
最後のperlが何やってんのかわかんないけどめっちゃ時間かかった． いらないモジュールもめっちゃDLしたのはわかる．
cd $MYWORK mkdir qt5build cd qt5build ../qt5/configure
configureも地味にプログレスバーの進行が遅くていらいら，むかむかする．ビールを飲みながらだな，これは．
データ的には我慢汁でも妊娠するかもしれない。個人的にはそうは思わないけど
最近生エッチの気持ちよさに抗えなくなってきてしまったんで，生外出し（膣外射精）で妊娠するのか個人的に調べてみた。生でやるとつっても妊娠するかどうかなんてコホート調査もできるわけないんで，結局論点は「我慢汁に精子があるか」ですけどね。
これまでそっち系のまとめでもっとも優秀だったのは 生挿入、外出し、膣外射精、我慢汁、カウパー、妊娠の確率 | 40代既婚男の女遊び&セフレ&婚外恋愛ブログ というド直球なサイトだったんだけど，若干ロジックが通ってない部分があるのと，結局ツイッターノウハウの商材サイトだからアクセス数稼ぎなのかなとも思ってしまえるので，もう1回まとめ直したいと思う。論文があったものは論文リンク付きなんで，おそらく日本のどのサイトよりも信頼性のある外出しに関する記事。
サマリー：妊娠する可能性はあるが，中出しに比べたら低い
「外出しでも妊娠する」論をサポートする結果となってしまって悔しいが，上記の結論になる。 数日間の禁欲を経ても経なくても，いわゆる我慢汁の中には精子が含まれている場合があることが人間を対象にした実験によって明らかになっている。データからは，「生中出しでは妊娠しない」という結論は導けないんだなあ。まあ，だからといって生セックスをやめることにはなりませんけどね。気持ちいいもん。
我慢汁にはWHOの基準値を超える精子が含まれている場合がある
WHOのガイドラインは2021年に改訂され現在第６版。 www.who.int このガイドラインでは，まともな精液標本の中で下位5%の値を示して妊娠できる必要条件となる精子の要件としている。 具体的には，
・精液1.4mL以上
・精子の濃度が16*106個/mL以上
・精子の運動率が42%以上
だと良い。逆に言うと，この条件が満たされてないと不妊治療を考えなければいけない劣等精液。射精する資格なし！ これをレファレンスとしながら見ていきましょう。
我慢汁（尿道球腺液。カウパー氏腺液。英俗pre-cum, 正式pre-ejeculatory fluid）の成分としての精子を調査した論文は，2000年以降で3つ。
1つ目。 www.ncbi.nlm.nih.gov 12人の被験者がおり，どの我慢汁にも精液が含まれていなかった。被験者に無精子症はなし。 我慢汁をつくる尿道球腺に関するレビュー論文https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15811067/では，本論文を引用して尿道球腺液に精子が含まれていないと結論づけている。
2つ目。 www.ncbi.nlm.nih.gov 27人の被験者がおり，うち11人の我慢汁に精子が含まれていた（11/27 = 41%）。 このうち，精子濃度がWHOの基準値以上なのは4人。運動率が基準値以上なのは7人（精子濃度が基準値以上の人は全員運動率も基準値以上。4/27=15%）。 あと関係ないけど，５回も射精している絶倫被験者，何者なんだよ。
3つ目。 pubmed.ncbi.nlm.nih.gov 42人の被験者がおり，うち7人の我慢汁にWHO基準を超える運動率の精子が検出された（7/42 = 17%）。データの一覧はなし。
以上のように，我慢汁の中にWHOの基準を上回る精子が検出される場合があることがわかる。経験則と結構違うんだけどな。身の回りの女でピルなしで外出しでやってる女，誰も妊娠してないんだけど。
3つ目の論文でも述べられているが，乾燥させた我慢汁の試料には，精液にはない特徴的なシダ状の模様が顕微鏡で観察される。2つ目の論文ではこれを確認せずに「我慢汁を出した直後に観察する」事にこだわったみたい。したがって，場合によっては我慢汁ではないものを被験者が「我慢汁です」といって提出している可能性も否定できないって書いてある（何だそれ）。
1つ目と3つ目の論文では乾燥させてシダ状組織を認めて我慢汁であることを確かめている。 たぶん3つ目の論文が一番信用できる。活きの良い我慢汁を観察して精子の濃度と運動性を確かめる→乾かしてもう1回観察して我慢汁であることを確かめる，という流れで観察している。
このように，「人によっては」我慢汁に精子が十分に含まれている。大体15~20%くらいの人の我慢汁には精子が含まれると考えて良さそう。
個人的な意見
たぶん生外出しでは妊娠しない（強硬路線）。 我慢汁は基本透明で，精液とは色が違う。我慢汁と精液には共通して精子が入っており，精液は大部分が精漿（精子と精液に対して，精子＋精漿＝精液 という関係を満たす物質を精漿と呼ぶ）であることを考えると，我慢汁と精液の色の違いは精漿の有無で考えられるはず。要するに我慢汁には精漿の成分があまり入ってないと考えられ，これが精液との大きな違いと言える。
精漿には受精をサポートする各種役割があり（https://ls.beckmancoulter.co.jp/a/webinars/20200828-fcm/index.html），特にセメノゲリンは精液をゲル化する働きを持つ。我慢汁は精液と違ってゲル状ではないんで，セメノゲリンの含有量は精液に比べて有意に小さいはず（我慢汁中のセメノゲリンについて定量的に分析した論文はないので，あくまで推論だけど）。セメノゲリンは子宮内で精子を破壊する因子から精子を守る役割があることが示唆されており（http://www.pnas.org/content/early/2014/02/27/1320715111.abstract），セメノゲリンに乏しいであろう我慢汁内の精子は子宮内で破壊されてしまうのではないかと考えられる。
結論
・我慢汁に精子が十分量含まれる人もいる。したがってこれらの精子が受精までこぎつける可能性は否定できない。
・個人的には，仮に十分量の精子が我慢汁に入っていたとしても精漿がないので結局受精には至らないと思う。
m100でOVITOをつかう
https://archive.rcm.cineca.it/artifacts/
ここからローカルPCの環境に合わせてRCMをダウンロード。
host: rcm.m100.cineca.it username, passwordはログインノードと一緒。 そのあと，Name Status Time Resourcesの右にある+をクリック。適切に（っつーかデフォルト通りでOK）設定してOKを選択。しばらくかかるけど，リモートデスクトップが起動する！
module load profile/advanced module load profile/deeplrn module load autoload ovito ovito
お疲れさまでした。
fix 1 all nveで波動導入せずに放置しても座標が揺れる問題
minimizeが足りないと思う。e-30でやる。
IFERC-CSC / M100 でMPI計算をする場合のバッチファイルのオプション（without OpenMP)
OpenMPを用いないので，1core/task。taskは多いほどよい。
物理コア：40cores/node HT：2HT/core 仕様可能なオプション：--ntasks, --cpu-per-task
max 1) dev (max 8 nodes or 160cores)
#SBATCH --ntasks=80 #SBATCH --cpus-per-task=2 #HTを考慮
-> 要求は160 threads -> 80 physical cores -> 2 nodes
max 2) S-M (max 640 nodes or 1280 cores)
#SBATCH --ntasks=1280 #SBATCH --cpus-per-task=2 #HTを考慮
-> 要求は2560 threads -> 1280 physical cores -> 32 nodes
max 3) Large (max 512 nodes)
#SBATCH --ntasks=1280 #SBATCH --cpus-per-task=2 #HTを考慮
-> 要求は40960 threads -> 20480 physical cores -> 512 nodes
M100の場合
物理コア：32cores/node HT：4HT/core 仕様可能なオプション：--nodes, --ntasks-per-node, --cpu-per-task
max 1) qos指定なし (max 16 nodes)
#SBATCH --nodes=16 #SBATCH --ntasks-per-node=32 #dont change this parameter #SBATCH --cpus-per-task=4 #HTを考慮 mpirun -np 512
-> 要求は16324=2048 threads -> 512 physical cores -> 16 nodes
max 2) qos指定あり(max 32 nodes)
#SBATCH --nodes=32 #SBATCH --ntasks-per-node=32 #SBATCH --cpus-per-task=4 #HTを考慮 #SBATCH --qos="m100_qos_fuabprod" mpirun -np 1024
-> 要求は32324= 4096threads -> 1024 physical cores -> 32 nodes
1115
10KNpt/exp_resumeはだめです
fix extra all print 1 "$i $s $d $g $l $f $t $v $e $p" file outp.txt
fix nveall all nve
minimize 1.0e-18 1.0e-18 100000 100000
unfix nveall
fix npt1 all npt temp ${npt_temp} ${npt_temp} 1 iso ${atmos} ${atmos} 1
#fix nve1 all nve
velocity all create ${npt_temp} 12345 dist gaussian
#velocity all create ${npt_temp} ${rand} dist gaussian
fix rescale all temp/rescale 1 ${npt_temp} ${npt_temp} 1.0 1.0
run ${rescaleSteps}
unfix rescale
run ${relaxationSteps}
#minimize 1.0e-18 1.0e-18 100000 100000
nptでexpandさせるのに、nveで一度minimizeしている…
fix dt/reset のXmaxを決めるときに使うpython
#fix dt/reset のXmax決める用
temp = 0
timing = 0
for i in range(M-1):
if abs(x_detec1[i+1] - x_detec1[i])>temp:
temp = abs(x_detec1[i+1] - x_detec[i])
timing = i
print(temp)
print(timing)
